Tujuan modifikasi pangan adalah untuk meningkatkan stabilitas produk, menjaga kualitas rasa produk, mengikuti perkembangan konsumen, menurunkan biaya produksi, dan meningkatkan nilai nutrisi dan keamanan produk .
Contoh dari tujuan modifikasi pangan adalah ketika produsen memodifikasi produk makanan agar terlihat lebih menarik secara tampilan, rasa atau bau, sehingga apabila dijual ke konsumen akan lebih banyak peminatnya.