Dalam suatu ekosistem, jamur dan bakteri bersifat saprofit berperan sebagai pengurai. Jamur dan bakteri berperan untuk menguraikan zat organik menjadi anorganik. Mereka membantu menjaga keseimbangan nutrisi dalam ekosistem dengan menahan nutrisi yang dibutuhkan oleh organisme lain dan membantu menguraikan material organik yang sudah mati .
Contohnya, jamur saprofit seperti **Rhizopus stolonifer** dapat menguraikan bahan organik seperti buah-buahan yang sudah matang dan sayuran yang sudah layu. Bakteri saprofit seperti **Bacillus subtilis** dapat menguraikan bahan organik seperti daun-daunan yang sudah gugur dan kotoran hewan .
